Из высших сосудистых растений, произрастающих на территории Тункинского национального парка
51 вид занесен в Красную книгу Республики Бурятия,
20 видов из них занесены в Красную книгу Российской Федерации.
Мегадения Бардунова включена в Красную книгу Бурятии с природоохранным статусом «1 (CR)» — вид, находящийся под угрозой исчезновения, в критическом состоянии. Данный вид рода Мегадения является узколокальным эндемиком и реликтом субтропической флоры. Мегадения уже более 30 млн. лет произрастает на территории Тункинской долины и нигде больше на Земле и «пережила», возможно, не одно оледенение. Сотрудниками СИФИБР СО РАН на территории Тункинского нацпарка была создана искусственная популяция этого вида с несколькими близко расположенными локусами.
Маннагетея Гуммеля в 1988 году внесена в Красную книгу РСФСР, в 1999 — Республик Тыва, в 2022 — Республики Бурятия. Бесхлорофильное многолетнее фиолетово-бурое растение с сильно укороченным стеблем, высотой 2−7 см. Цветет в конце июля и начале августа, плодоносит в конце августа и сентябре. Размножение семенное. В России встречается на нагорье Сангилен в Республике Тыва и в Тункинской долине по левому берегу р. Иркут около с. Туран. За пределами России — в Северном Китае. Численность незначительная; встречается единичными экземплярами.
Борец тангутский также встречается очень редко — это вид, находящийся под угрозой исчезновения. Произрастает только в Тункинских гольцах, в верховьях рек Хубыта, Ула-Гол, Ихе-Ухгунь, Харимта. Вне России отмечен только на северо-востоке Тибета в Китае.
Малочисленные и изолированные популяции редкого гемиэндемичного вида остролодочника блестящего на территории Бурятии нуждаются в детальном изучении и охране. В 2022 году сотрудники отдела науки провели подробные исследования по структуре и численности популяций вида в окрестностях села Монды и в урочище Сагаан Шулута. Во всех местообитаниях отмечена большая фракция цветущих генеративных растений, плотность популяций — средняя и высокая. В окрестностях села Монды встречается очень мало молодых растений, что скорее всего связано с интенсивным выпасом.
Животные
Из позвоночных животных обитающих на территории национального парка
44 вида занесено в Красную книгу России, в том числе:
рыбы — обыкновенный таймень, острорылый ленок
птицы — 39 видов.
млекопитающие — 4 вида. Снежный барс, манул, дикий северный олень (лесной подвид алтае-саянской популяции), сибирский горный козел. (восточно-саянская популяция, впервые внесена в Красную книгу РФ)
94 вида занесено в Красную книгу Бурятии
рыбы — острорылый ленок, обыкновенный таймень
амфибии — остромордая лягушка
рептилии — 3 вида. Прыткая ящерица, обыкновенный уж, обыкновенная гадюка
птицы — 77 видов
млекопитающие — 11 видов
Особо ценными представителями млекопитающих являются следующие виды.
Снежный барс — категория и статус 1 — находящийся под угрозой исчезновения подвид (в Красной книге Российской Федерации — с 2001 года). Один из наиболее редких и малоизученных представителей семейства кошачьих — снежный барс или ирбис. В Тункинском национальном парке отмечено 4 взрослые особи и 2 котенка в 1 выводке (2022 г.). Основным объектом питания для ирбиса является сибирский горный козел (включен в перечень видов Красной книги Российской Федерации, Республики Бурятия). На состояние популяции первостепенное влияние оказывает гибель животных в незаконных орудиях лова (прежде всего, петлях). Также барсы гибнут в результате целенаправленного браконьерства. Кроме того, дополнительно рост популяции сдерживает бедность кормовой базы.
Сибирский горный козел (восточно-саянская популяция) — редкий вид горной фауны, впервые занесен в Красную книгу России, также занесен в Красные книги Республики Бурятия (2020) и Иркутской обл. (2020). Всего около 6% его местообитаний в Восточном Саяне находится в пределах Тункинского нацпарка. Общая численность в Восточном Саяне оценивается от 1 до 4,5 тыс. особей. Современная численность восточно-саянской популяции в национальном парке— около 1000 особей.
Речная выдра — редкий вид, охраняется Бернской конвенцией, СИТЕС. Сравнительно крупный зверек. Длина тела — до 95 см, масса — до 11 кг. Тело удлиненное, слегка уплощенное. Конечности короткие, пятипалые. Между пальцами, вооруженными короткими тупыми когтями, имеются плавательные перепонки. Мех короткий, очень густой, мягкий, темно-бурой окраски. Ведут одиночный образ жизни. В выводке 2−4 детеныша. В Тункинском национальном парке редка, встречается по горным рекам, богатыми рыбой: Зун-Мурэн, Тумусун, Иркут в устье М. Зангинсана и Б. Зангинсана и Ехэ-Ухгунь.
